PDB 파일을 열고, 편집하고, 변환하는 방법
PDB 파일 확장명을 가진 파일은 프로그램 또는 모듈에 대한 디버깅 정보를 보관하는 데 사용되는 프로그램 데이터베이스 형식 (예 : DLL 또는 EXE 파일)으로 만든 파일 일 가능성이 큽니다. 심볼 파일이라고도합니다.
PDB 파일은 소스 코드의 다양한 구성 요소와 명령문을 최종 컴파일 된 제품에 매핑합니다. 그러면 디버거는 소스 파일과 디버깅 프로세스를 중지해야하는 실행 파일의 위치를 찾을 수 있습니다.
일부 PDB 파일은 대신 Protein Data Bank 파일 형식 일 수 있습니다. 이 PDB 파일은 단백질 구조와 관련된 좌표를 저장하는 일반 텍스트 파일입니다.
다른 PDB 파일은 Palm 데이터베이스 또는 PalmDOC 파일 형식으로 작성되어 PalmOS 모바일 운영 체제 와 함께 사용됩니다. 이 형식의 일부 파일은 대신 .PRC 파일 확장자를 사용합니다.
PDB 파일을 여는 방법
서로 다른 프로그램은 자신의 PDB 파일을 사용하여 일종의 구조화 된 데이터베이스 형식으로 데이터를 저장하므로 각 응용 프로그램은 자체 PDB 파일 유형을 여는 데 사용됩니다. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio 및 Pegasus는 PDB 파일을 데이터베이스 파일로 사용할 수있는 프로그램의 몇 가지 예일뿐입니다. Radare와 PDBparse는 PDB 파일을 열 때도 사용할 수 있습니다.
일부 PDB 파일은 Geneious 'Program Debug Database 파일과 같이 일반 텍스트로 저장되며 텍스트 편집기에서 열면 사람이 읽을 수 있습니다. Windows의 내장 메모장 프로그램과 같이 텍스트 문서를 읽을 수있는 프로그램으로이 종류의 PDB 파일을 열 수 있습니다. 다른 PDB 파일 뷰어 및 편집자에는 Notepad ++ 및 Brackets가 있습니다.
다른 PDB 데이터베이스 파일은 텍스트 문서가 아니며 의도 한 프로그램으로 열 때 유용합니다. 예를 들어 PDB 파일이 Quicken과 관련이있는 경우 해당 소프트웨어를 사용하여 PDB 파일을 보거나 편집 해보십시오. Visual Studio에서는 DLL 또는 EXE 파일과 같은 폴더에 PDB 파일이 표시됩니다.
Avogadro를 사용하여 Windows, Linux 및 MacOS에서 Protein Data Bank 파일 인 PDB 파일을보고 편집 할 수 있습니다. Jmol, RasMol, QuickPDB 및 USCF Chimera도 PDB 파일을 열 수 있습니다. 이러한 파일은 일반 텍스트이기 때문에 텍스트 편집기에서 PDB 파일을 열 수도 있습니다.
Palm Desktop은 Palm 데이터베이스 파일 형식의 PDB 파일을 열 수 있어야하지만, 프로그램의 .PRC 파일 확장명을 인식하도록 파일 이름을 바꾸어야 할 수도 있습니다. PalmDOC PDB 파일을 열려면 STDU Viewer를 실행하십시오.
PDB 파일을 변환하는 방법
프로그램 데이터베이스 파일은 적어도 정규 파일 변환기 도구가 아닌 다른 파일 형식으로 변환 될 가능성이 높습니다. 대신, 이런 종류의 PDB 파일을 변환 할 수있는 도구가 있다면, 그것을 열 수있는 동일한 프로그램이 될 것입니다.
예를 들어, PDB 데이터베이스 파일을 Quicken에서 변환해야하는 경우 해당 프로그램을 사용해보십시오. 그러나 이러한 유형의 변환은 아마도 거의 사용되지 않을뿐만 아니라 이러한 데이터베이스 응용 프로그램에서 지원되지 않을 수도 있습니다. 즉,이 종류의 PDB 파일을 다른 형식으로 변환 할 필요가 없을 것입니다.
Protein Data Bank 파일은 MeshLab을 사용하여 다른 형식으로 변환 할 수 있습니다. 이렇게하려면 먼저 File> Save Image As> VRML 메뉴에서 PDM 파일을 PyMOL을 사용하여 WRL로 변환 한 다음 MeshLab에서 WRL 파일을 가져와 File> Export Mesh As 메뉴를 사용하여 PDB를 궁극적으로 변환해야 할 수 있습니다 파일을 STL 또는 다른 파일 형식으로 변환합니다.
모델이 컬러가 필요하지 않은 경우 PDB 파일을 USCF Chimera를 사용하여 STL로 직접 내보낼 수 있습니다 (다운로드 링크는 위에 있습니다). 그렇지 않으면 위와 같은 방법 (MeshLab 사용)을 사용하여 PDB를 USCF Chimera로 WRL로 변환 한 다음 Wesh 파일을 MeshLab을 사용하여 STL로 내보낼 수 있습니다.
PDB를 PDF 또는 EPUB 로 변환하려면 PalmDOC 파일이있는 경우 여러 가지 방법이 있지만 가능한 가장 쉬운 방법은 Zamzar 와 같은 온라인 PDB 변환기를 사용하는 것입니다. PDB 파일을 해당 웹 사이트에 업로드하여 AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT 및 기타 eBook 파일 형식뿐만 아니라 해당 형식으로 변환 할 수 있습니다.
PDB 파일을 FASTA 형식으로 변환하려면 Meiler Lab의 온라인 PDB에서 FASTA로 변환 할 수 있습니다.
PDBx / mmCIF를 사용하여 PDB를 CIF (Crystallographic Information format) 온라인으로 변환 할 수도 있습니다.
PDB 파일에 대한 고급 읽기
Microsoft, GitHub 및 Wintellect의 프로그램 데이터베이스 파일에 대해 더 많이 읽을 수 있습니다.
Protein Data Bank 파일에 대해서도 배울 점이 많습니다. Worldwide Protein Data Bank 및 RCSB PDB를 참조하십시오.
파일이 아직 열리지 않았습니까?
위에서 나온 도구로 열지 않는 PDB 파일은 실제로 PDB 파일이 아닙니다. 무슨 일이 벌어 질지 몰라도 당신이 파일 확장자를 오독하고 있다는 것입니다; 일부 파일 형식은 실제로는 관련이없고 작동하지 않을 때 ".PDB"와 매우 유사한 접미사를 사용합니다.
예를 들어, PDF 파일은 문서 파일이지만 위의 프로그램 중 대부분은 이러한 소프트웨어 프로그램을 사용하여 열려고하면 텍스트 및 / 또는 이미지를 올바르게 렌더링하지 않습니다. PD, PDE, PDC 및 PDO 파일과 같이 철자가 비슷한 철자가있는 파일도 마찬가지입니다.
PBD는 EaseUS Todo Backup 프로그램에 속하며 따라서 해당 소프트웨어로 열 때 유용합니다.
PDB 파일이 없으면 파일이 가지고있는 파일 확장자를 조사하여 열거 나 변환하는 적절한 프로그램을 찾을 수 있습니다.